Создан распоряжением Главы города Армавира в 1996 году, на базе городской больницы № 1, с целью оптимизации коечной сети и улучшения условий оказания специализированной медицинской помощи по онкологии. В 2003 году приказом департамента здравоохранения Краснодарского края Армавирский муниципальный онкологический диспансер наделен функциями межтерриториального онкологического центра по оказанию специализированной медицинской помощи по онкологии жителям г.Армавира. В 2007 году перерегистрирован в государственное учреждение здравоохранения Краснодарского края «Армавирский онкологический диспансер».

Деятельность диспансера осуществляется на основании лицензии выданной Министерством здравоохранения Краснодарского края № ЛО-23-01-014475  дата выдачи 30.03.2020 г.  в соответствии с которой осуществляет следующие виды деятельности: оказание специализированной помощи по онкологии, гематологии, лучевой диагностике и лучевой терапии, УЗИ-диагностике, трансфузиологии,эндоскопии, лабораторной диагностики, патологической анатомии, контролю качества лечения, экспертизе временной нетрудоспособности.ГБУЗ «АрОД» оказывает медицинскую помощь онкологическим пациентам МО г. Армавир, Новокубанского, Успенского, Отрадненского, Курганинского, Мостовского, Лабинского, Гулькевичского, Кавказского и Тбилисского районов, общая численность населения которых составляет 942,7 тыс. человек.